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與酶蛋白以共價鍵相連的稱為http://.（prosthetic group），用透析或超濾等方法不能使它們與酶蛋白分開；反之兩者以非共價鍵相連的稱為輔酶（coenzyme），可用上述方法把兩者分開。輔助因子有兩大類，一類是金屬離子，且常為輔基，起傳遞電子的作用；另一類是小分子有機化合物，主要起傳遞氫原子、電子或某些化學基團的作用。

結合酶中的金屬離子有多方面功能，它們可能是酶活性中心的組成成分；有的可能在穩定酶分子的構象上起作用；有的可能作為橋梁使酶與底物相連接。輔酶與輔基在http://.中作為氫（H+和e）或某些化學基團的載體，起傳遞氫或化學基團的作用。體內酶的種類很多，但http://.種類并不多，常見到幾種酶均用某種相同的金屬離子作為輔助因子的例子，同樣的情況亦見于輔酶與輔基，如3-磷酸http://.脫氫酶和http://.均以NAD+作為輔酶。酶催化反應的http://.決定于酶蛋白部分，而輔酶與輔基的作用是參與具體的反應過程中氫（H+和e）及一些特殊化學基團的運載。

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酶屬http://.，分子質量至少在1萬以上，大的可達百萬。酶的催化作用有賴于酶分子的http://.及空間結構的完整。若酶分子變性或亞基http://.均可導致酶活性喪失。一個值得注意的問題是酶所催化的反應物即底物（substrate），卻大多為小分物質它們的分子質量比酶要小幾個數量級。

酶的活性中心（active center）只是酶分子中的很小部分，酶蛋白的大部分氨基酸殘基并不與底物接觸。組成酶活性中心的氨基酸殘基的側鏈存在不同的功能基團，如-NH2。-COOH、-SH、-OH和http://.等，它們來自酶分子多肽鏈的不同部位。有的基團在與底物結合時起結合基團（binding group）的作用，有的在催化反應中起http://.（catalytic group）的作用。但有的基團既在結合中起作用，又在催化中起作用，所以常將活性部位的功能基團統稱為必需基團（essential group）。它們通過多肽鏈的盤曲折疊，組成一個在酶分子表面、具有三維空間結構的孔穴或裂隙，以容納進入的底物與之結合并催化底物轉變為產物，這個區域即稱為酶的http://.。

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而酶活性中心以外的功能集團則在形成并維持酶的空間構象上也是必需的，故稱為活性中心以外的必需基團。對需要輔助因子的酶來說，輔助因子也是活性中心的組成部分。酶催化反應的http://.實際上決定于酶活性中心的結合基團、催化基團及其空間結構。