生物肥料不能直接提供作物吸收的營養物質(bao括氮、磷、鉀和多種礦質元素)，而是通過大量活的微生物在土壤中的積極活動來制造和協助作物吸收營養物質或產生生長素來刺激作物的生長，這與化肥作用方式在本質上是不同的。并且生物肥所能提供的肥效不能滿足作物生長對營養物質的需求。因此，那種認為生物肥料可以替化肥的看法是一種誤解，有的把生物肥料神秘化，冠以“高新技術”產品，無限夸大其作用也是錯誤的，在農業生產中生物肥料的使用與化肥的使用應當相輔相成。
耕地質量的退化，土壤有機質含量的下降，導致了土壤保水保肥能力的降低，風侵、水侵加劇，形成惡性循環。肥料、水分流失嚴重，水、肥利用率下降。當前，我國化肥的有效利用率遠遠低于發達國家水平。國內化肥，氮、磷、鉀的投入比例為1：0.41：0.27，與合理施肥水平還有一定差距，尤其是鉀肥的投入比例較小，也是影響肥料利用率不高的重要因素。
施肥量日益增長，土壤結構中有機質比重下降，保水、供肥、通透能力和性能變差，板結嚴重，造成水土流失，生態失調。我國耕地墾殖年久遠，加上長期只重用地不顧養地，造成耕地養分失調，地力下降，雖然耕地產出量大幅度提高，但負荷過重，耕地養分投入與產出嚴重失衡。目前，除少數地區外，全國絕大多數耕地土壤肥力不高，土壤有機質平均為1.8％左右，旱地僅為1％左右，而歐美等國的耕地土壤有機質一般在5％—8％。而且我國很少種植有養地作用的多年生牧草，近年來綠肥的面積也下降很多，加之，有機肥（如：牛、馬、豬、雞等糞便發酵）的施用量也逐年遞減。